三农扶志基金的初始捐赠财产是万向三农集团有限公司全部股权。万向三农集团由鲁冠球和鲁伟鼎于2000年出资6亿元创立，是万向系服务于“三农”的农业产业集团，拥有远洋捕捞、种业、杏仁露、山核桃基地等多个农业系列产品。万向三农集团是两家上市公司承德露露（sz000848）、万向德农（sh600371）的最大股东（分别占40.68%、48.76%），并且持有航民股份（sh600987）6%的股份。万向三农集团还绝对控股浙江省远洋渔业集团、浙江大洋世家股份公司、杭州品向位食品公司、新疆硝石钾肥公司、洛阳氟钾科技；参股万事利集团、万向财务公司和网商银行（万向三农集团是网商银行的主要发起人股东，持股比例18%），粗略计算捐赠时万向三农集团的财产规模已超过60亿元。
三农扶志基金属于股权类慈善信托，且涉及多家上市公司，所以其设立的程序相对于资金类慈善信托更为复杂，需遵循各项法律法规，完成备案、申报、披露、监管审核、财产转移、工商变更登记等诸多事宜。